实时荧光定量PCR
实时荧光定量PCR可以在反映处于指数期时，检测PCR产物的量，由此推断初始模板。实时荧光定量PCR使用的荧光化学主要分为两种类型：荧光探针法和荧光染料法。
GeneChip Mouse Exon 1.0ST Array 小鼠外显子芯片
小鼠全转录本表达谱芯片，约有4个探针来针对每个外显子 / 约有40个探针来针对每个基因，覆盖经验性及预测的外显子序列，约1000000个外显子。可用于基因表达和可变剪切分析。
Agilent棉花寡聚DNA芯片（4×44K）
棉花全基因组表达谱芯片所用的序列信息来自于RefSeq, UniGene, TIGR Plant TA 和TIGR Gene Indices等知名数据库，代表了43,803个棉花基因和转录本。
Affymetrix Rhesus Macaque Genome Array 恒河猴
恒河猴基因芯片组点可以检测2004年10月前报道的Genbank, dbEST 和Unigene数据库中的47000个转录子，以及一些相关病毒的基因。